O Cluster Latinux nasceu no evento Linuxweek'99 (Caracas, Venezuela), por iniciativa do engenheiro Ricardo Strusberg Velasco, com suporte da Corvus Latinoamérica, empresa venezuelana especializada em soluções tecnológicas com ênfase em tecnologias abertas e livres. A ideia era criar uma rede de empresas, instituições educativas e consultores especializados em soluções baseadas em software livre, assim como uma consultoria e metodologia de capacitação associadas a este tipo de soluções.

Foi somente no ano de 2006 que empresas do Brasil, Estados Unidos, Porto Rico e Venezuela firmaram, durante o VII Fórum Internacional Software Livre, em Porto Alegre, Brasil, um acordo de cooperação para criar formalmente o Cluster Latinux como um consórcio internacional. O acordo firmado é resultado das negociações iniciadas no Linux World Expo 2006, em Boston, Estados Unidos, e no Lacfree 2005, em Recife, Brasil, tomando como base a abordagem de aliança que ocorreu na Linuxweek'99.

Inicialmente, participaram do Cluster Latinux as empresas brasileiras Propus e Solis, as venezuelanas Corvus Latinoamérica e ISEIT, a norte-americana Alacos e a portorriquenha Red Boricua. O consórcio prevê o fortalecimento e a formalização de uma entidade independente, buscando impulsionar e desenvolver soluções baseadas em software e tecnologias livres, também conhecidas como tecnologias abertas. As empresas participantes do projeto se comprometem a compartilhar conhecimentos, trocar experiências, promover o software livre e a cooperação do trabalho das comunidades organizadas de software livre, além de dar suporte comercial local e regional umas às outras.

O Cluster Latinux concentra serviços de consultoria, suporte, manutenção e instalação de soluções empresariais com base em softwares livres, em toda a América Latina. Entre as possibilidades de trabalho que se abrem a partir do Latinux está atender à demanda reprimida de organizações, empresas e governos em relação ao desenvolvimento de software livre e aproveitamento de produtos e serviços que tiveram um determinado êxito local ou em toda uma área de atuação do consórcio. Todas as empresas participantes do Latinux são reconhecidas nos setores em que atuam e têm vasta experiência em soluções de software livre.

Em 2007, os fundadores do cluster reuniram-se e aceitaram a incorporação de novos membros da Argentina, Chile e Uruguai. Também foi tomada a decisão de criar a Latinux Inc., empresa panamenha, que representará os interesses do cluster e coordenará suas atividades internacionais em nível mundial.

Finalmente, foi acertado que a expansão internacional das empresas membros do cluster se dará sob a marca e imagem Latinux, com ênfase na criação de novas empresas nos países onde não há membros sob o nome Latinux.

A partir de 2008, foram incorporados ao cluster diferentes centros educativos, fortalecendo assim os mecanismos de validação de conhecimentos em tecnologias livres por meio das certificações Latinux. O processo incluiu a criação de cursos de especialização de nível superior e programas formais de certificação, com reconhecimento empresarial, comunitário e governamental, em nível global.