L’idée de créer un réseau d’entreprises, d'établissements d' enseignement et de consultants spécialistes, aussi bien dans les logiciels libres, que dans la formation et l’assistance dans ce type de logiciels, est née lors de la Linuxweek 99, qui s’est déroulée a Caracas en 1999 à l’iniative de l’ingénieur Ricardo Strusberg Velasco, avec le support de Corvus Latinoamericana, entreprise vénézueliénne de technologie, spécialisée en technologies ouvertes et libres.

Cependant, ce n’est qu’en 2006 que quelques entreprises du Brésil, des Etats Unis, et du Porto Rico, ont signé, lors du 7ème Forum International de Software Libre à Porto Alegre, Brésil, un accord de coopération pour créer formellement le Cluster Latinux comme un groupe international. Cet accord est le résultat des négociations qui ont commencé au moment de la Linux World Expo 2006 à Boston, aux Etats Unis et de la Lacfree 2005 à Récife au Brésil, sur la base des accords signés dans le cadre de la Linuxweek'99.

Les premiers participants dans le Cluster Latinux ont été les entreprises brésiliennes Propus et Solis, les vénezuéliennes Corvus Latinoamericana et Iseit, l’nord-américaine Alacos et la portoricaine Red Boricua. La tâche du groupe était de se renforcer et de se formaliser comme un organisme indépendant qui avait pour but le developpement de solutions informatiques sur la base des techonologies et des logiciels libres et ouverts. Ces entreprises ont pris l’engagement de partager les connaissances, échanger les experiences, promouvoir les logiciels libres et coopérer avec le travail des communautés des logiciels libres organisées , et aussi de se donner réciproquement un support commercial local et regional.

Le Cluster Latinux rassemble des services d’assistance, support technique et installation de solutions informatiques pour les entreprises, basés sur des logiciels libres, dans toute l’Amérique Latine. L' une des tâches principales du Cluster est celle de répondre a une démande non satisfaite des organisations, des entreprises et des gouvernements par rapport au developpement des logiciels libres en utilisant les produits et les services qui ont eu du succès à niveau local. Toutes les entreprises qui participent dans le Cluster Latinux sont reconnues dans leur domaine d’activité et ont une large expérience en ce qui concerne les logiciels libres.

En 2007, les membres fondateurs du Cluster se sont réunis et ont décidé d’accepter l’incorporation de quelques nouveaux membres venant d’Argentine, du Chili et d’Uruguay. En même temps, la décision est prise de créer l’entreprise Latinux Inc. au Panama, qui représente les interêts du Cluster et coordonne ses activités internationales au niveau mondial.

Par ailleurs, il est décidé d' accomplir l’expansion international des entreprises membres du cluster sous la marque Latinux, et de concentrer les éfforts dans la création de nouvelles entreprises dans les pays où il n’y a pas encore des membres sous le nom de Latinux. Par ailleurs, il est décidé d' accomplir l’expansion international des entreprises membres du cluster sous la marque Latinux, et de concentrer les éfforts dans la création de nouvelles entreprises dans les pays où il n’y a pas encore des membres sous le nom de Latinux.

En 2008, se concrétise l’incorporation au Cluster de nouveaux centres d'enseignement. En même temps, le Cluster fait un grand effort pour renforcer les mécanismes de validation de connaissances en technologies libres par le moyen des certificats Latinux, en incluant des diplômes universitaires et programmes d’attestations formelles, reconnus au niveau global par les entreprises, les communautés spécialisées en logiciels libres et les gouvernements.